母亲已故且与儿子户口不在一起，可凭出生证明或亲子鉴定证明母子关系。若出生证明存在且完好，它是最直接的证据，通常记载母子身份信息，能直接体现关系；若无出生证明，可做亲子鉴定，需由有资质机构出具报告，该报告具有法律效力，能有效证明血缘关系；若出生证明丢失，可尝试用医院分娩记录、母亲工作档案亲属信息、派出所原始户籍底档等辅助证据，结合其他材料形成完整证据链来证明。
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母亲已故且与儿子户口不在一起，证明母子关系有法律依据。根据《中华人民共和国民法典》（2020年）第一千零七十三条：“对亲子关系有异议且有正当理由的，父或者母可以向人民法院提起诉讼，请求确认或者否认亲子关系。对亲子关系有异议且有正当理由的，成年子女可以向人民法院提起诉讼，请求确认亲子关系。”母亲去世后，儿子作为成年子女，因户口不在一起无法直接证明关系，可依此规定通过诉讼确认。同时，依据《中华人民共和国户口登记条例》（1958年1月9日起施行）第七条“婴儿出生后一个月以内，由户主、亲属、抚养人或者邻居向婴儿常住地户口登记机关申报出生登记”，出生登记形成的出生证明等户籍材料是法定亲属关系证明文件，有出生证明即可直接证明，故可通过出生证明或无证明时诉讼确认母子关系。
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母亲已故且与儿子户口不在一起，证明母子关系时，以下特殊情况或例外会影响处理：
1、出生证明丢失且无法补办：年代久远、医院档案缺失等导致无法补办，会增加证明难度。原出生证明是最直接证据，丢失后只能依赖亲子鉴定等，而亲子鉴定需时间费用，母亲已故还可能样本采集难，影响证明进程和结果。
2、母亲多次婚姻或户籍迁移频繁：若儿子为母亲某任丈夫所生，母亲户籍迁移频繁，不同户籍地派出所难查完整户籍记录，需逐一查询，增加复杂性和时间成本，甚至出现信息不一致影响证明。
3、涉及收养等特殊关系：若儿子为收养且户口本未体现，收养手续瑕疵或缺失，会极大影响证明。因收养需法定条件和手续，手续不全可能无法直接认定，需补充材料或诉讼确认，增加难度和不确定性。
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母亲已故且与儿子户口不在一起，证明母子关系时可能存在法律风险：
1、证据链风险：缺乏有效证据会阻碍法律事务。如继承母亲遗产时，若无法提供出生证明、亲子鉴定报告等证明母子关系，其他继承人可能质疑其继承权，引发纠纷，儿子可能无法顺利继承。
2、核心权利影响风险：无法有效证明关系会影响儿子核心权利。如办理母亲房产过户、领取母亲相关补贴时，相关部门要求证明母子关系，无法证明则无法办理，合法权益受影响。

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